自然景區主要是指依托山、水、林、木等獨特的自然環(huán)境及資源而開(kāi)發(fā)成的景區，包括國家自然保護區、森林公園、地質(zhì)公園、水利風(fēng)景區等。其中，自然保護區可以分為科研保護區、國家公園 ( 即風(fēng)景名勝區 )、管理區和資源管理保護區四類(lèi)。需要注意的是有些自然保護區同時(shí)是森林公園，如湖南張家界森林公園。
現階段我國自然保護區實(shí)行環(huán)保部部門(mén)綜合管理和分部門(mén)管理相結合的管理體制，即統一監督管理與分類(lèi)主管并存。國家環(huán)保部門(mén)（包括國家環(huán)保部、省環(huán)保廳、地方環(huán)保局、環(huán)保所、環(huán)境監測站、環(huán)保研究所等）負責全國自然保護區的綜合管理協(xié)調；林業(yè)、農業(yè)、國土、水利、海洋、建設等有關(guān)行政主管部門(mén)在各自職責范圍內主管有關(guān)的自然保護區。但在實(shí)際操作過(guò)程中，環(huán)保部的綜合協(xié)調權限不明確，沒(méi)有達到實(shí)質(zhì)性的中央垂直管理，以分部門(mén)管理為主的自然保護區存在多職能部門(mén)交錯管理、政務(wù)重復煩瑣、工作效率低等問(wèn)題?！吨腥A人民共和國自然保護區條例》第二十一條規定，國家級自然保護區由所在地的省、自治區、直轄市人民政府有關(guān)自然保護區行政主管部門(mén)或者國務(wù)院有關(guān)自然保護區行政主管部門(mén)管理，地方級自然保護區由其所在地的縣級以上地方人民政府有關(guān)自然保護區行政主管部門(mén)管理。但在實(shí)際操作中，無(wú)論是國家級還是地方級的自然保護區，基本上都是由地方政府負責保護區的日常管理工作，通常是成立專(zhuān)門(mén)的管理委員會(huì )或管理局。但地方政府多從地區利益及發(fā)展出發(fā)，無(wú)法從國家層面全面統籌規劃自然保護區工作，加之基層管理機構設置不規范、資金缺乏，使得我國大多保護區管理薄弱、相關(guān)法律機制缺失、基礎建設薄弱、信息監測和收集缺乏、監督核查機制缺乏。在我國以政府為主導進(jìn)行保護區管理的背景下，現階段主要有以下幾種自然保護區管理模式。
1. 行政主管部門(mén)管理
我國大多數的自然保護區都擁有多種自然資源，其均由保護區所轄資源的對口部門(mén)進(jìn)行管理，如保護區中陸生野生動(dòng)物歸林業(yè)部門(mén)管理，水生野生動(dòng)物歸漁政部門(mén)管理，保護區中的水域、水體及水工程歸水利部門(mén)管理，水道和航道歸水運部門(mén)管理等。此外，還有國家中央直接管理模式，如陜西佛坪保護區、四川臥龍保護區、甘肅白水江保護區等是由國家林業(yè)局直接投資建設和管理的自然保護區。
2. 行政與事業(yè)合一管理
臥龍自然保護區是目前全國唯一的“行政和事業(yè)管理功能”合一的自然保護區。該模式是在保護區內專(zhuān)門(mén)成立特別行政區，與國家林業(yè)局自然保護區管理局實(shí)行“兩塊牌子、一套班子、合署辦公”的管理體制，并接受?chē)伊謽I(yè)局和省政府的領(lǐng)導，省政府和國家林業(yè)局均委托省林業(yè)廳代管。
3. 多事業(yè)單位合一管理
有些自然保護區同時(shí)是風(fēng)景名勝區，如黑龍江五大連池、四川九寨溝；有些自然保護區既是風(fēng)景名勝區也是森林公園，如湖南張家界、黑龍江鏡泊湖。相應地，這些保護區往往會(huì )涉及多個(gè)事業(yè)單位管理主體，如九寨溝景區有國家級自然保護區管理局和風(fēng)景名勝區管理局，張家界景區有自然保護區管理局和國家森林公園管理處。景區的多頭管理會(huì )導致管理混亂、無(wú)序及低效率，因而多管理主體合一成為必然趨勢。如九寨溝國家級自然保區管理局和九寨溝風(fēng)景名勝區管理局合并成立了九寨溝管理局，形成了“兩塊牌子、套人馬、統一管理”的管理體制，九寨溝管理局成為經(jīng)費全額自收自支的事業(yè)單位。
4. 學(xué)校、科研院所和地方政府共管
如廣東鼎湖山自然保護區、湖南省烏云界自然保護區、八大公山國家級自然保護區等。充分結合高校、科研院所的研究特點(diǎn)及科研需求，聯(lián)合各級政府共同出資建設管理保護區，可減輕國家財政壓力，推進(jìn)產(chǎn)學(xué)研合作共贏(yíng)。一方面，保護區為學(xué)校、研究院所提供了天然場(chǎng)地和資源庫供其研究；另一方面，有關(guān)自然資源的研究成果或經(jīng)驗，可幫助保護區維護自然資源和生態(tài)環(huán)境，促進(jìn)其可持續發(fā)展。但在實(shí)際操作中，難免存在管理體制不清晰、機構重疊設置、管理溝通效率低的現象。
政府管理自然保護區仍然是當下各國自然保護區管理的主要模式，但政府直接管制的成本相對較高，且管理效率較低。隨著(zhù)社會(huì )各界生態(tài)環(huán)保意識的提高、民間環(huán)保力量的壯大，自然保護區可以探索和示范一些新的管理模式，如采取“保護區 + 社區”共管模式，充分發(fā)動(dòng)當地社區居民力量，塑造其“綠水青山就是金山銀山”的環(huán)保意識，讓當地居民主動(dòng)參與到保護區管理中，以實(shí)現保護區與社區共融發(fā)展；采取“合約托管 +政府監督”的模式，充分發(fā)揮 NGO、中華環(huán)保聯(lián)合會(huì )、公益基金會(huì )等社會(huì )環(huán)保組織的資金力量、專(zhuān)業(yè)力量及擅長(cháng)社區溝通等優(yōu)點(diǎn)，將保護區部分管理委托給這些社會(huì )團體，政府發(fā)揮監督和提供政策支持的作用。
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